La Facultad de Ciencias Agrarias de la Universidad Agraria del Ecuador, forma profesionales suficientemente pluralistas, de modo que puedan desempeñarse con elevada eficiencia en actividades del sector público y privado, ya sean éstas de formulación de políticas agrícolas, de docencia, de investigación agrícola, de asistencia técnica y extensión rural o de gestión agropecuaria.

El objetivo central de la formación de los profesionales de Ciencias Agrarias, es dotarlos del dominio de la ciencia, de la tecnología y del conocimiento de proceso de producción y administración rural, para que estén en mejores condiciones de dar efectivas y suficientes respuestas en las necesidades concretas de los demandantes de sus servicios profesionales.
La Facultad de Ciencias Agrarias pretende alcanzar como objetivo primordial el siguiente:

En la actualidad la Facultad de Ciencias Agrarias cumple actividades en Guayaquil y en Milagro, en cada una de estas ciudades posee instalaciones físicas, en las cuales se desarrollan las actividades de pregrado. Adicionalmente en Milagro existe el Centro Experimental Agropecuario (CEM), que desarrolla actividades productivas y de investigación en una superficie de 200 hectáreas aproximadamente.

Formación de un profesional Ingeniero Agrónomo que responda a la satisfacción de las necesidades sociales del entorno, desarrollando tecnologías que sean de bajo costo y accesibilidad, procurando la preservación de las condiciones ecológicas del entorno y de los recursos naturales que coadyuvarán al desarrollo armónico e integral del país.