El Sistema de Posgrado de la Universidad Agraria del Ecuador ( SIPUAE ) fue creado por resolución del H. Consejo Universitario el día 15 de Junio de 1994.
De conformidad al proyecto de desarrollo institucional, el Sistema de Postgrado de la U.A.E. centró su labor en función de la demanda académica, investigativa y social; concentrando su potencial en la cuenca del río Guayas sin excluir otras circunscripciones geográficas como la Región Amazónica.

Objetivos: El propósito general es mejorar la capacidad nacional para el desarrollo de la ciencia y la tecnología agropecuaria con esa filosofía, el Sistema de Postgrado de la Universidad Agraria del Ecuador, se propuso los siguientes objetivos:
-Planificar el desarrollo de los estudios y cursos de postgrados, estableciendo una adecuada delimitación y coordinación de los diferentes niveles, a partir de la actualización, perfeccionamiento, actualización y capacitación, hacia la consolidación del grado científico.
-Aprovechar los recursos humanos, económicos e infraestructura física disponible, para facilidar estudios de actualización, capacitación disciplinar y capacitación profesional, a fin de atender necesidades concretas de actualización de conocimientos para el ejercicio profesional.
-Forman especialistas, maestros en ciencia y doctores postgrado (phD) en diversas disciplinas de las ciencias agropecuarias, mediante una correcta utilización de los elementos teóricos, metodológicos y práticos para contribuir cualitativamente con el desarrollo regional y nacional.
-Realizar investigación aplicada que conduzca al desarrollo de la actividad agropecuaria y a la solución de problemas de ese sector de la economía o de una determinada rama de producción.
-Priorizar en los programaciones académicas el desarrollo de la cuenca del Río Guayas, pues a ésta corresponde el 13% del territorio nacional, en ella habita el 40% de la población del país y dispone de recursos agropecuarios relevantes, que justamente requieren de un aprovechamiento especializado.
-Integrar a la Región Amazónica en las programaciones académicas de la U.A.E., a través del Sistema,contribuyendo con la promoción de un desarrollo sostenible compatible, con los intereses de la comunidades nativas, la preservación de sus recursos y la afirmación de la soberanía nacional.
-Fortalecer la relación con instituciones y organizaciones del sector externo nacional a fin de posibilitar el intercambio académico, la atención oportuna a la solución de problema concretos; ofrecer consultoría externa y proporcionar una política de acción abierta, flexible, dinámica y cooperativa.
Evolución Historico: Los Directivos de la Universidad Agraria del Ecuador impulsaron una serie de actividades con el propósito de adecuar su oferta de servicios a las necesidades y demandas de la sociedad, particularmente en el área Académica, sin descuidad por ello la mejora en las Areas de Investigación y Vinculación con la Comunidad.
Entre las actividades realizadas en nueve años de existencia de la Universidad Agraria del Ecuador, podemos citar:
-Plan de Reforma Curricular en la Facultades de Ciencias Agrarias y Medicina Veterinaria, que incluyó redefinir el perfil profesional, reagrupar las asignaturas del Pensum, reasignar cargas horarias, cambiar contenidos, facilitar recursos de apoyo.
-Programa de Capacitación permanente del sector docente en áreas profesionales, disciplinares y pedagógicas.
-Integración de la Investigación al ejercicio docente.
-Cambio radical en el sistema de Control de Actividades.
-Establecimiento de programas de vinculación con la comunidad.
-Creación del Sistema de Postgrado.
-Consolidación del Proceso de Capacitación Disciplinar Continua.
-Creación de los Programas Regionales de Enseñanza.
-Reación de la Facultad de Economía Agrícola
-Elaboración del Plan Estratégico de Desarrollo Institucional, CUM 2025 -Generación de una estructura administrativa y de gestión dinámica.

Requerimiento de Ingreso: Para su admisión en los diferentes Programas de Postgrado, los estudiantes aspirantes deben reunir los siguientes requisitos:

-Poseer Título profesional de tercer nivel, debidamente registrado en el CONESUP, en especialidades afines a cada programa; que éste vinculado a la Producción Agraria sea a nivel consultor, investigador, proyectista, productor, exportados, administrador o en la docencia universitaria en asignaturas relacionadas con el área del programa.
-Certificado de la empresa o institución en la que trabaja, en la cual se indique la función que desempeña y el tiempo en el cargo
- Entrevista personal.

Requerimientos de Permanencia: Para su permanencia en los diferentes Programas de Postgrado, los estudiantes deben cumplir con los siguientes requisitos:

- Respetar las disposiciones contenidas en el Estado General de la Universidad y los Reglamentos del Sistema de Postgrado.
- Cumplir con las evaluaciones y asignaciones establecidas en las distintas asignaturas.
- Asisitir a las actividades presenciales en un 70%.
- Aprobar cada asignatura con una nota mínima de 7 puntos en una escala del 0 al 10.

Requerimiento de Egreso: Los requisitos para la obtención del Título, son los siguientes:

- Respetar las disposiciones contenidas en el Estado General de la Universidad y los Reglamentos del Sistema de Postgrado.
- Cumplir con las evaluaciones y asignaciones establecidas en las distintas asignaturas.
- Asisitir a las actividades presenciales en un 70%.
- Aprobar cada asignatura con una nota mínima de 7 puntos en una escala del 0 al 10.

Convenio de colaboración entre la Universidad Agraria del Ecuador y la University Of West Alabama, para los estudiantes de Posgrados (Maestrías nuevas aprobadas para corte 2021), en los laboratorios e instalación de University Of West Alabama. dicha estancia es opcional y será pagada por los estudiantes interesados a realizarla.

Convenios Internacionales: La mayor parte de nuestros programas se han realizado bajo el auspicio y convenios con Instituciones internacionales, tales como:

-Universidad Agraria de la Habana.
-Centro de Investigaciones Ambientales y Territoriales, CIDIAT, de Venezuela.
-Universidad de los Andes, Mérida, Venezuela.
-Universidad de la Habana.
-Empresa Brasileña de Pesquisa Agropecuaria, EMBRAPA, Brasil.